Mirni gradić, izoliran i uspavan, sve do početka 19. stoljeća bio je ekonomsko, političko, vojno, crkveno, kulturno i prometno središte zapadnog dijela dubrovačke državice.

Grad Ston je “ključ” čitavog poluotoka Pelješca, jer on brani kopnenu prevlaku koja spaja poluotok Pelješac s kopnom i stoga je zbog svog iznimnog geografskog i strateškog položaja koji zauzima bio oduvijek zanimljiv. Najstariji tragovi ljudskog obitavanja stonskog kraja sežu u prapovijest, u neolitik (mlađe kameno doba). Tada je spilja Gudnja koja se nalazi iznad Stona bila središte čovjekovog života u ovom kraju i ona je jedno od najznačajnijih arheoloških nalazišta iz neolitika na čitavom južnom Jadranu. U njoj su pronađeni brojni nalazi kamenih i koštanih artefakata i velik broj ostataka keramičkih posuda oslikanih tipičnim šarenim stilom neimenovanih i nepoznatih nam pra-stanovnika Pelješca. Nije naodmet spomenuti da su u spilji pronađeni i ostaci školjaka (kamenica, kunjka i volaka), pa bi i to mogao biti dokaz o ranom čovjekovom prepoznavanju gastronomskih blagodati Stona.

Prvi prapovijesni stanovnici jadranske obale kojima znamo barem skupno ime bili su Iliri, stočarski narod koji je tijekom dva posljednja stoljeća stare ere bio pobijeđen od strane Rimljana, čime započinje višestoljetna vlast moćnog Rima. Stonski i pelješki kraj nastanjivali su Plereji – jedno od manjih ilirskih plemena o kojemu nažalost znamo jako malo. Međutim, oni su za sobom ostavili gomile: tipične nadgrobne humke od naslaganog kamena koji se i danas raspoznaju razbacani po čitavom kraju.

U doba Rimskog carstva (antika) malo znamo o Stonu, ali ipak, ima sačuvanih latinskih natpisa i nešto arheoloških ostataka, a svjedočanstvo rimske vlasti je i centurijacija (raspored zemljišnih parcela) stonskog polja koja se uz malo truda može uočiti i danas. Po ostacima građevina (ponajviše crkava) lako je zaključiti da je Ston u doba kasne antike bio već važno i veliko naselje. Antičko ime Stona (Stamnes) sačuvano je u nešto kasnijem izvoru, a to je “Kozmografija” Anonima Ravenjanina koja se datira u 7. stoljeće, a grad se spominje i na poznatoj “Tabula Peutingeriana” kao Turris Stagno. Poznati bizantski car i pisac Konstantin VII. Porfirogenet ga spominje kao Stagnon, a Kronika popa Dukljanina ga navodi kao Stantania.

Kada su nakon propasti Rimskog carstva područje istočne jadranske obale naselili Slaveni-Hrvati, Ston je postao središte Zahumlja – jedne od slavenskih državica zvanih sklavinije – i u njemu su stolovali lokalni vladari i lokalni biskupi koji se spominju u zaključcima crkvenih sabora u Splitu s početka 10. stoljeća. Valja nam imati na umu da tadašnji Ston nije bio na mjestu ovoga današnjega grada, već se nalazio nešto zapadnije, pod brijegom na kojemu se danas nalazi crkva Sv. Mihajla. Sve upućuje na to da je na brijegu bio utvrđeni vladarski dvor (poznata je vladarska kuća Viševića) s dvorskom kapelom, a da se naselje nalazilo u nizini. Od tog akropolskog sklopa danas je sačuvana jedino crkvica Sv. Mihajla kao jedan od najznačajnijih kulturnih spomenika prošlosti Stona. Nakon razdoblja ranog srednjeg vijeka i prosperiteta u kojemu je Ston bio središte Zahumlja s vlastitim vladarima i biskupima, u 12. i 13. stoljeću postoje brojne nerazjašnjene povijesne činjenice. Usponom Raške pod dinastijom Nemanjića Zahumlje dolazi u interesnu sferu raške države i to razdoblje obilježeno je brojnim dinastičkim borbama za prevlast, a znamo da je Ston pogodio i potres 1252. godine.

Ston početkom 14. stoljeća ulazi u interesnu sferu dubrovačke komune koja je upravo tada postajala sve jača i Dubrovčani su iskoristili borbe loklnih moćnika i 1326. prvo najvjerojatnije dijelom vojnički zauzeli poluotok Pelješac, a potom ga i godine 1333. i službeno kupili od bosanskog bana i srpskog kralja. Od te godine počinje brzi i planirani procvat Stona: Dubrovčani prvo dijele zemljište i crtaju osmišljen plan razvoja i izgradnje, a potom grade zidine, kuće, palače, fontane, crkve i samostane. Ston je postao sjedište lokalnog kneza, bilježničkih kancelarija i brojnih drugih dubrovačkih upravnih, vjerskih i vojnih službi. Tako se, primjera radi, u Državnom arhivu u Dubrovniku čuva 346 knjiga arhivskih dokumenata nastalih djelovanjem stonske kancelarije. Stonska sol je osim opskrbljivanja lokalnog stanovništva bila jedan od glavnih izvoznih artikala Dubrovačke Republike koja je njome trgovala po čitavom Balkanskom poluotoku, a prihodi od soli bili su visoki. Katastrofalni potres koji je 1667. godine pogodio Dubrovnik, djelomično je oštetio i Ston.

Ston je bio dio Dubrovačke Republike sve do njezine propasti 1808. godine kada je nakon kratkotrajne francuske okupacije postao dio Austrijskog carstva (kasnije nazvanog Austro – Ugarska) u čijem sklopu ostaje sve do 1918. godine. Premda je Ston postao središte općine, grad gubi na važnosti, biskupija je ukinuta, a dio zidina je oštećen radi iskorištavanja kamena. Njegova spomenička vrijednost prepoznata je tek u 20. stoljeću ponajviše zalaganjem poznatog dubrovačkog povjesničara Lukše Beritića koji je poveo akciju za spašavanje i obnovu brojnih stonskih spomenika kulture.

Ston je, u neku ruku, građen po uzoru na Dubrovnik: ima svoj Knežev dvor, svoju Biskupsku palaču, svoju Glavnu stražu, svoju katedralu, svoju Minčetu, svoju Placu. Dubrovčani su ga unaprijed zamislili kao urbanističku cjelinu i kao cjelinu su ga i izgradili. To ga čini posebnim i jednistvenim na našim prostorima, a nevjerojatan sklop stonskih zidina, čija je izgradnja započeta odmah po dolasku Stona u vlast Dubrovčana, predstavlja najdulji fortifikacijski sklop u Europi.